Le CPNSSS a pour mandat d'organiser, de diriger et de coordonner les négociations nationales des conventions collectives de plus de 320 000 personnes salariées du secteur de la santé et des services sociaux. Pour réaliser ce mandat, le CPNSSS, en collaboration avec les établissements, élabore des projets de propositions de négociation. Il doit requérir, sur des sujets d'intérêt gouvernemental, des mandats de négociation auprès du Conseil du trésor.De plus, le CPNSSS a pour mission de soutenir les établissements dans l'application des lois du travail, ainsi que dans l'interprétation, la gestion et l'application des conventions collectives. Enfin, pour assurer la pleine portée des dispositions négociées à l'échelle nationale, il soutient les établissements dans la négociation des dispositions locales des conventions collectives.