A Secretaria da Saúde do Estado, SESA como é conhecida pelos funcionários e profissionais de saúde, é um órgão da administração direta do Governo estadual. Gerencia no Estado o Sistema Único de Saúde (SUS).Missão: assegurar a formulação e gestão das políticas públicas em saúde e a prestação da assistência à saúde individual e coletiva, contribuindo assim para a melhoria da qualidade de vida dos cearenses. A SESA enfrenta essa missão, baseada nos valores da universalidade, integralidade, equidade, ética e honestidade. Valores que estão nas ações administrativas do núcleo central, nas 21 Coordenadorias Regionais de Saúde e nos hospitais e unidades próprias e ainda no Hospital Waldemar de Alcântara, uma Organização Social, mantida com recursos do Tesouro do Estado.A história da Secretaria se divide em antes e depois de 1961. No dia 27 de junho de 61, o então governador do Ceará, Parsifal Barroso, dividiu a Secretaria de Educação e Saúde em duas: Secretaria de Educação e Cultura e Secretaria de Saúde e Assistência. A lei que criou a Secretaria de Saúde e Assistência foi a 5.427, publicada no Diário Oficial do Estado no dia 28 de junho de 1961.