Le ministère est organisé en quatre directions techniques (alimentation, enseignement et recherche, performance économique et environnementale des entreprises, pêche et aquaculture) dont l'action est coordonnée par un secrétariat général qui assure la gestion des ressources humaines, les affaires financières, l'organisation des services, l'information et la communication, la statistique agricole et la prospective, les affaires juridiques et pilote la politique de modernisation du ministèreLes services déconcentrés relaient l'action de l'administration centrale dans les régions et les départements. Le ministère compte près de 36 000 agents dont la moitié exerce dans le secteur de l'enseignement et de la formation agricoles.