Program Nusantara Sehat bertujuan untuk menguatkan layanan kesehatan primer melalui peningkatan akses dan kualitas pelayanan kesehatan dasar di DTPK dan DBK juga mempunyai tujuan menjaga keberlangsungan pelayanan kesehatan, menggerakan pemberdayaan masyarakat dan dapat memberikan pelayanan kesehatan yang terintegrasi serta meningkatkan retensi tenaga kesehatan yang bertugas di DTPK. Program ini merupakan program lintas unit utama di Kemenkes yang fokus tidak hanya pada kegiatan kuratif tetapi juga promotif dan preventif untuk mengamankan kesehatan masyarakat (public health) dari daerah yang paling membutuhkan sesuai dengan Nawa Cita.